Masjid Agung Baitussalam menjadi salah satu saksi perkembangan Kota Purwokerto. Setelah ibu kota Kabupaten Banyumas dipindahkan dari Ajibarang ke Purwakerta, pemerintah Hindia Belanda membangun pusat kota baru di Paguwan yang dilengkapi alun-alun, penjara, dan sebuah masjid di sisi baratnya. Masjid Besar Purwokerto kemudian menjadi pusat aktivitas keagamaan masyarakat di kawasan kota baru tersebut. Pada masanya, masjid ini juga berperan dalam kehidupan ekonomi kota. Kas masjid pernah dipinjam un